天眼查logo
国家中小企业发展基金旗下
官方备案企业征信机构

天眼查企业头条合作新闻详情

Nature Plants | 重大进展,南方科技大学翟继先团队首次揭示拟南芥中新生RNA的动态过程
来源:搜狐新闻发布时间:2020年06月17日

iNature

在真核生物中,基因被RNA聚合酶II(Pol-II)转录,内含子被剪接体在很大程度上共转录。使用长读测序的分析表明,剪接在Pol-II通过酵母中的内含子后立即发生。在植物中,剪接动力学,剪接与转录之间的联系以及剪接与聚腺苷酸化(PA)之间的关系仍然未知。

2020年6月15日,南方科技大学翟继先及中国科学院遗传发育所曹晓风等团队合作在Nature Plants在线发表题为“Post-transcriptional splicing of nascent RNA contributes to widespread intron retention in plants”的研究论文,该研究开发了一种基于纳米孔的方法来分析染色质结合的RNA,该方法能够在拟南芥全基因组范围内同时检测剪接状态,Pol-II位置和聚腺苷酸化。

该研究发现,在Pol-II转录超过3'剪接位点1 kb后,一半以上的内含子仍未剪接,这比酵母中报道的剪接速度慢得多。许多全长染色质结合的RNA分子是聚腺苷酸化的,但在特定位置仍包含未剪接的内含子。这些内含子几乎不存在于细胞质中,并且对无义介导的衰变具有抗性,表明它们在转录本释放到细胞质中之前被转录后剪接。

因此,研究人员将这些内含子称为转录后剪接的内含子(pts内含子)。对大约6,500个公共RNA测序文库的分析发现,pts内含子的剪接需要剪接相关蛋白(例如PRMT5和SKIP)的功能,并且还受到各种环境信号的影响。拟南芥中的大多数内含子保留事件是在pts内含子上的,这表明染色质连接的转录后剪接是植物中观察到的广泛内含子保留的主要因素,并且可能是产生完全剪接的功能性mRNA的机制快速反应。

打开APP,查看更多精彩图片

pre-mRNA剪接是真核mRNA成熟的基本过程,大多数内含子通过转录共剪接。先前使用合成的pre-mRNA在体外重建剪接事件的研究已经获得了有关剪接位点识别和剪接体组装机制的丰富知识。高通量短读测序技术在新生RNA表征中的应用极大地促进了剪接事件的定量以及对有效Pol-II转录的精确跟踪。然而,由于难以在同一转录本上同时表征剪接事件和转录进程,因此研究剪接和转录之间的协调性仍然具有挑战性。

酵母的最新研究应用了长读测序技术来应对这一挑战,并发现内含子从Pol-II退出后迅速被内含子剪接,但这仍需在多细胞生物中进行研究,因为后者通常具有较复杂的剪接模式。除了共转录剪接,在动物细胞中也有大量的转录后剪接。含内含子的聚腺苷酸转录物保留在染色质处。在植物中,剪接动力学,剪接与转录之间的联系以及剪接与聚腺苷酸化(PA)之间的关系仍然未知。

文章模式图(图源自Nature Plants )

在这里,研究人员开发了一种基于纳米孔的方法来分析染色质结合的RNA,该方法能够在拟南芥全基因组范围内同时检测剪接状态,Pol-II位置和聚腺苷酸化。该研究发现,在Pol-II转录超过3'剪接位点1 kb后,一半以上的内含子仍未剪接,这比酵母中报道的剪接速度慢得多。许多全长染色质结合的RNA分子是聚腺苷酸化的,但在特定位置仍包含未剪接的内含子。这些内含子几乎不存在于细胞质中,并且对无义介导的衰变具有抗性,表明它们在转录本释放到细胞质中之前被转录后剪接。

因此,研究人员将这些内含子称为转录后剪接的内含子(pts内含子)。对大约6,500个公共RNA测序文库的分析发现,pts内含子的剪接需要剪接相关蛋白(例如PRMT5和SKIP)的功能,并且还受到各种环境信号的影响。拟南芥中的大多数内含子保留事件是在pts内含子上的,这表明染色质连接的转录后剪接是植物中观察到的广泛内含子保留的主要因素,并且可能是产生完全剪接的功能性mRNA的机制快速反应。

参考消息:

https://www.nature.com/articles/s41477-020-0688-1

—END—

内容为【iNature】公众号原创,欢迎转载

白名单回复后台「转载」

iNature推出了姐妹公众iNews,专注于最新的学术资讯报道,欢迎关注。扫描或者是长按下面的二维码,轻松关注。

微信加群

iNature汇集了4万名生命科学的研究人员及医生。我们组建了80个综合群(16个PI群及64个博士群),同时更具专业专门组建了相关专业群(植物,免疫,细胞,微生物,基因编辑,神经,化学,物理,心血管,肿瘤等群)。温馨提示:进群请备注一下(格式如学校+专业+姓名,如果是PI/教授,请注明是PI/教授,否则就直接默认为在读博士,谢谢)。可以先加小编微信号(iNature3),或者是长按二维码,添加小编,之后再进相关的群,非诚勿扰。

点击查看相关文章

影响因子|朱健康|汤富酬|张康|李红良|曹雪涛|施一公

施扬|张锋|David Liu|胰腺癌|肺癌

免疫治疗|疼痛|CRISPR|m6A|lincRNA|GPCR

西南医科|上海交通|万里学院|山大|安农

大学排名|科研基金|作者专访|导师选择|植物排行

风云榜|中国最高引|突破10文章|有用邮件

投稿、合作、转载授权事宜

请联系微信ID:18217322697或邮箱:921253546@qq.com

觉得本文好看,请点这里!

声明:本文转载自于搜狐新闻,目的在于传递信息,并不代表本网赞同其观点和对其真实性负责;如涉及内容侵权、投诉、内容接入合作等问题,请邮件至feedback@tianyancha.com
留下你的精彩评论
抢沙发...
0/300
评论
您可能感兴趣
智利举办线上招聘会,提供1.6万个工作机会
来源:搜狐新闻发布时间:2020年06月20日
苏州工业园区外贸逆势上扬
苏州工业园区来源:手机新浪网发布时间:2020年06月20日
今年高考报名人数1071万考场40万个
高考来源:手机新浪网发布时间:2020年06月20日
小程序
天眼查小程序
APP
天眼查APP
微信
天眼查微信公众号
反馈
客服
置顶
天眼查客服:400-608-0000
版权所有:北京金堤科技有限公司 ©2018 TIANYANCHA 京ICP备14061319号-2  增值电信业务经营许可证:京B2-20181511 
违法和不良信息举报电话:400-608-0000
举报邮箱:jubao@tianyancha.com